Применяется для систем капельного полива, а также при поливе миниспринклерами и туманообразовании. В системах капельного полива микротрубки, в отличие от капельных трубок, выполняют только соединительную функцию, соединяя капельницу и прикорневой колышек, либо стартовый адаптер на магистральной трубке и капельницу. В системах туманообразования и микроспринклерного полива микротрубки используют для подвода воды от основной трубы к туманообразователю, миниспринклеру или форсунке. Длина микротрубок в системах полива не должна быть большой, так как потеря давления, зависящая от диаметра трубки, в миркотрубках сравнительно высока. При поливе используют только чёрные непрозрачные трубки - они изготовлены с использованием специальных добавок для защиты от ультрафиолетового излучения (в прозрачной трубке очень быстро размножаются зеленые водоросли и другие микроорганизмы.